La gestion des ressources naturelles et patrimoniales
LES ENJEUX DU VAL DE SAÔNE
L’une des caractéristiques principales de la vallée de la Saône est l’intérêt écologique que revêtent les différents milieux typiques de cette grande plaine alluviale : prairies humides inondables, forêts alluviales, annexes aquatiques… La richesse naturelle de cette plaine réside dans la présence de milieux patrimoniaux mais également d’habitats plus communs.
Cette valeur écologique du Val de Saône est largement reconnue.
De nombreux zonages réglementaires ou d’inventaires couvrent la quasi-totalité de la vallée :
- 7 sites Natura 2000, recouvrant plus de 35 000 ha et concernant 101 communes ;
- 65 Zones Naturelles d’Intérêt Ecologique Floristique et Faunistique (de type I), sur 26 200 ha ;
- 8 Zones Naturelles d’Intérêt Ecologique Floristique et Faunistique (de type II) sur 75 000 ha ;
- 7 Arrêtés de Protection de Biotope (APB) sur 1 600 ha ;
- Une 50aine d’Espaces Naturels Sensibles sur 3 650 ha
- Une zone prioritaire sur la partie Rhône-alpine pour la préservation de la trame verte et bleue au sein du SRADDET Auvergne Rhône-Alpes (Schéma régional d’aménagement, de développement durable et d’égalité des territoires).
Plus de 1500 zones humides sont présentes sur le territoire et apportent à l’homme et à la biodiversité tous les services qu’on leur connaît.
La richesse du val de Saône peut se résumer en 3 grands types de milieux :

Une vaste plaine Inondable
La Saône présente une caractéristique naturelle que peu de rivière ont en France : sa pente ! Prenant sa source à faible altitude dans les Vosges et étendant son cours sur près de 500 km de long, la Saône a une pente très faible, voire quasiment nulle à certains endroits. Cette caractéristique explique l’étendue des surfaces inondées lors des crues.
Son lit majeur, c’est-à-dire l’emprise maximum couverte par la Saône en période de crue, peut atteindre 5 km de large par endroit.
Ce territoire fortement inondable présente les caractéristiques inhérentes aux grandes plaines alluviales avec un type d’habitat qui présente un intérêt majeur : la prairie inondable.
Qu’elle soit fauchée ou pâturée, plus ou moins humide, la prairie inondable héberge une flore et une faune spécifiques et remarquables.
- La population nicheuse du Val de Saône du Courlis cendré, une espèce d’oiseaux indissociable de ces prairies, représente environ la moitié de la population française !
- De nombreuses autres espèces remarquables y trouvent refuge : Râle des genêts, Tarier des prés, Bruant proyer…
- Un cortège d’espèces floristiques telles que la Fritillaire pintade ou la Gratiole officinale sont des exemples parmi les 15 espèces végétales remarquables des prairies du Val de Saône.
Un corridor écologique de premier ordre fragilisé par les activités humaines
Les corridors écologiques sont des passages vitaux pour les espèces (animaux et végétaux) ; les cours d’eau et leur végétation riveraine, les haies et les talus végétaux en sont des exemples. Les animaux et les plantes se déplacent d’un endroit à un autre en empruntant ces passages.
Pour les animaux, ces corridors leur permettent de relier différents espaces naturels : zones de nourrissage, abris, zones de reproduction…
Pour les végétaux, ces corridors permettent de se disperser et coloniser de nouveaux territoires ; en éparpillant leurs graines, les végétaux assurent leur descendance.
La vallée alluviale de la Saône constitue un corridor écologique et une zone humide de tout premier ordre au niveau national et européen, favorable à de nombreuses espèces floristiques et faunistiques.
Le Val de Saône forme donc à lui seul un corridor biologique :
- C’est l’un des rares couloirs Nord-Sud encore bien préservé à l’échelle nationale ;
- Il est emprunté par de nombreux oiseaux migrateurs ;
- Il est aussi emprunté par les mammifères : le Castor est en pleine expansion sur la Saône, la Loutre commence à recoloniser ses anciens territoires par l’aval au niveau de Lyon.

Ce corridor alluvial subit d’importantes pressions liées à l’exploitation et l’aménagement du territoire, et en particulier :
- La fragmentation des milieux prairiaux et forestiers par la mise en culture de parcelles, l’implantation de grandes infrastructures et l’urbanisation… ;
- Le cloisonnement des cours d’eau par des seuils ou ouvrages de navigation sur la Saône, contrariant la circulation piscicole ;
- La gestion des nombreux ouvrages hydrauliques transversaux permettant de réguler l’inondation des casiers hydrauliques dans les départements de l’Ain, de Saône-et-Loire et du Rhône et qui perturbent l’accès des brochets aux sites de reproduction (frayères) situés dans les prairies ;
- Le développement de plusieurs espèces exotiques envahissantes (Jussie) qui, de par leur caractère invasif, peuvent coloniser de grandes surfaces au détriment des autres espèces présentes et réduire à néant les efforts de restauration menés par les gestionnaires.

« Le Val de Saône constitue la zone humide la plus étendue du bassin RMC, et l’une des plaines alluviales les mieux conservées de France. Ce vaste champ d’inondation est un exemple type de l’intérêt patrimonial et fonctionnel de l’espace ainsi occupé par le lit majeur »
– Extrait du SDAGE 1996
Un lit mineur riche en habitats
Les habitats du lit mineur de la Saône, c’est-à-dire ceux se trouvant dans le cours de la rivière possèdent eux aussi une richesse remarquable :
- Environ 80 platis sont présents sur la Saône. Ces zones de haut fond toujours en eau avec une végétation aquatique dense en été sont très favorables à la reproduction des poissons.
- Plus de 60 délaissés et lônes. Ils correspondent à d’anciens bras de la rivière ou d’anciens méandres, et présentent des caractéristiques différentes de la rivière en abritant ainsi d’autres types d’habitat et d’autres espèces.
- Près de 150 îles, dont 55 d’une surface supérieure à un terrain de foot.
Ces habitats présentent une richesse insoupçonnée de par la variété des milieux qu’ils abritent. Ils sont peuplés par des espèces remarquables telles que :
- Les poissons avec une trentaine d’espèces sur la Saône : Truites sur la partie vosgienne, Lotes, Brochets ou encore Bouvières plus à l’aval
- Les grands poissons migrateurs sont actuellement bloqués en aval de Lyon par les barrages transversaux, alors qu’ils étaient présents sur la Saône au 19ème siècle : aloses, lamproies et anguilles pourront dans les années qui viennent recoloniser le Val de Saône si les barrages du Rhône et de la Saône deviennent franchissables.
- Les oiseaux : cigognes, hérons, guêpiers, martin pêcheur… dont les berges, les îles, et les lônes constituent des refuges ou des lieux de nidification de choix.
- Les chiroptères (chauves-souris) dont 7 espèces sur le Val de Saône sont d’intérêt communautaire.
Historiquement, ces milieux ont tendance à régresser pour plusieurs raisons :
- Extractions anciennes de granulats ;
- Présence des barrages de navigation qui ont modifié la pente naturelle de la Saône ;
- Augmentation de la navigation et donc du batillage…